檢察官調查後，認有多家碾米廠牽涉其中，於110年11月10日針對弘O碾米廠及穀O碾米廠發動第1波搜索，帶回碾米廠負責人及多位負責載運米糧之司機以釐案情。
據了解，該倉庫管理員是從每袋公糧挖取少量米，至其預先準備好之空袋內，再用劣質米填補到數量短缺的米袋內，以上開蒙蔽手法來侵占公糧，嗣累積至約20至30噸之數量後，復以遠低於市價之行情，用每噸約新台幣18,000元之價格銷贓予特定之碾米廠。
檢察官偵訊後，認倉庫管理員吳男及弘O碾米廠實際負責人曾男涉嫌違反貪污治罪條例之侵占公有財物及故買贓物等罪嫌重大，向台南地方法院聲請2人羈押禁見獲准，穀O碾米廠實際負責人林男則以15萬元交保候傳。
檢廉持續追查，發現仍有其他碾米廠業者私下向該倉庫管理員買受公糧，復分別於110年12月3日發動第2波行動，針對德O碾米廠執行搜索，德O碾米廠實際負責人李男經檢察官訊問後，諭知以5萬元具保。
檢廉專案小組再於111年1月3日發動第3波行動，拘提前經具保之榖O碾米廠實際負責人林男到案，訊問後認其涉犯貪污治罪條例之侵占公有財物及故買贓物罪嫌重大，向法院聲請羈押獲准。
其後檢廉仍持續追查其他不法業者，於111年1月25日發動第4波行動，針對位於嘉義縣新港鄉之久O碾米廠執行搜索，經檢察官訊問後，認久O碾米廠負責人蒲男涉犯貪污治罪條例之侵占公有財物及故買贓物罪嫌重大，有逃亡及串證之虞，向法院聲請該羈押禁見獲准。
檢廉於上開4人聲請羈押獲准後，依所掌握之相關事證，認應有農會幹部涉及本案，嗣於111年2月17日由承辦檢察官逕行拘提該農會總幹事許男到案，經檢察官訊問後，認許男涉犯貪污治罪條例之侵占公有財物罪嫌重大，有逃亡及勾串、滅證之虞，向法院聲請羈押禁見獲准。
本案迄今已陸續執行5波行動，合計聲請羈押5人獲准，而案發後經農糧署派員清點，該倉庫一共短虧1302公噸之公糧，損失高達新台幣3135萬2992元，檢廉專案小組將持續深入追查，並已積極要求負責保管公糧之農會擔負賠償損失之責，以保障公糧庫存之穩定，維護國家糧食政策之推展。
